Inspektorat Provinsi DKI Jakarta dipimpin oleh seorang Inspektur, yang dalam melaksanakan tugas dan fungsinya bertanggung jawab langsung kepada Gubernur dan secara teknis administratif mendapat pembinaan dari Sekretaris Daerah.

Untuk dapat menjalankan tugas yang telah diembannya, seorang Inspektur dibantu oleh Sekretaris Inspekorat, yang membawahi :

  1. Subbagian Umum dan Kepegawaian.
  2. Subbagian Perencanaan dan Anggaran.
  3. Subbagian Keuangan.
  4. Subbagian Evaluasi dan Pelaporan.

Selain itu Inspektur dibantu oleh 5 (lima) Inspektur Pembantu, yaitu :

  1. Inspektur Pembantu I.
  2. Inspektur Pembantu II.
  3. Inspektur Pembantu III.
  4. Inspektur Pembantu IV.
  5. Inspektur Pembantu Bidang Pencegahan dan Investigasi.

Inspektur juga dibantu oleh 6(enam) Inspektur Pembantu Wilayah Kota Administrasi dan Kabupaten Administrasi.